1. 数据分析
在专卖店管理系统中，你能做任何你想做的分析——这种思想是对专卖店管理系统的一种误解。在分析时，企业常常需要把专卖店管理系统产生的数据与其他系统产生的数据相结合。有繁重分析需求的企业在作专卖店管理系统预算时应充分考虑建立数据仓库的成本，而且应知道使它平稳运行所需的大量工作。在一个大公司中，由于数据仓库巨大，每天更新数据仓库中所有的专卖店管理系统数据是一项很困难的工作，同时专卖店管理系统不善于辨别每天哪些信息需改变，这使得选择数据仓库的更新很困难。一种解决方案是用户自己编程，但这笔费用很昂贵。明智的人在确定预算之前会控制所有的数据分析需求。
2. 实施队伍无休止的工作
大多数企业倾向于像对待其它软件项目那样对待专卖店管理系统实施小组，一旦软件安装完毕，小组就地解散，其成员各就其位。但是专卖店管理系统不能这样，小组成员对于专卖店管理系统的正常运转实在太宝贵了。由于在专卖店管理系统安装完成后还有很多工作要做，企业不应该急于将其项目组成员派回到原来的工作岗位。不幸的是，企业的信息部门很少考虑到专卖店管理系统安装后大量的维护工作，在启动专卖店管理系统时能将这些成本纳入项目预算的就更少了。
3. 客户化
在实施过程中，企业应尽量避免许多昂贵的核心专卖店管理系统的客户化工作。由于整个专卖店管理系统是一个紧密联系的有机整体，客户化会影响专卖店管理系统系统的每个模块，客户化之后，专卖店管理系统包的升级将变得不现实。如果要对专卖店管理系统包升级，企业不得不重新进行客户化工作。一般情况下，专卖店管理系统厂商不会对客户化工作提供支持，企业必须雇佣另外的开发人员进行客户化工作，而且需要开发人员继续做以后系统的运行维护工作。
专卖店管理系统的成功实施会给企业带来巨大的经济效益和社会效益，但是由此带来的一系列额外投资也是非常巨大的，而这些额外投资往往是由于企业在项目规划时忽视了专卖店管理系统实施带来的隐性成本造成的。在进行专卖店管理系统导入时，企业若能事前对隐性成本进行正确评价，对后续系统的完整性和系统上线后的可控性将会带来莫大的帮助。因此企业在进行专卖店管理系统规划时，应该充分考虑到由专卖店管理系统实施带来的隐性成本。