服装企业连锁店管理软件应用到目前为止也出现众多弊端。以下四方面是应用过程中问题的主要体现：
第1，使用者的自身素养。在中国劳动密集型的服装企业中，员工的整体文化素质不高，所以能熟练运用软件的人并不多。现在服装企业中的工作人员对连锁店管理软件的认识还很浅薄，不能深入和系统的学习掌握软件，使连锁店管理软件不能发挥应有的效用。
第2，企业信息孤立化。目前，部分公司运用了很多的连锁店管理软件，但是软件可能只有公司一个人进行操作，沟通对于一个企业十分重要，在一个企业中每个人想知道的信息都不尽相同，譬如公司老总关心的是公司的利润?设计人员、销售人员、采购人员等每个人的职位和工作性质不同，导致他们的信息的使用要求也不同。只有信息结构多样化满足了所有的员工不同要求，并使信息系统内部的信息传递形成完整有效的链接，才能达到理想的工作效果。信息的孤立有时候会导致生产上重复浪费等问题的出现。企业只有信息上达到一定程度的共享、必要的沟通,才能形成企业内部的凝聚力，这样的企业才能够有更长远的发展。
第3，连锁店管理软件不能由专业服装人才研发。现阶段各公司应用的服装信息化连锁店管理软件，致命的问题就在于软件程序的开发人员。在服装企业的信息化中，技术已经不是最大的问题，对于供应商和服装企业来说，专业性的开发人才才是最关键最首要的问题。现在应用的连锁店管理软件并不是懂得服装和管理的人士开发的，他们缺少对服装企业背景的了解，并且也对服装的生产、销售和管理知之不多。由于此类人才的缺乏，导致连锁店管理软件在应用过程中出现很多没有遇到过的新问题，稳定性差，经常二次开发。影响系统的运行效率。所以现在十分缺乏了解服装懂得管理的软件开发者，希望这个问题能被大家重视起来，以便尽早得以解决。
第4，连锁店管理软件得不到合理的应用。连锁店管理软件现在已经存在于大部分服装企业中，但是它的利用率并不高，并不被多数公司看好。公司花大量的资金配置安装整个生产连锁店管理软件，但是把它忽略在一旁闲置下来，是公司最大的损失。我们大家日常生活中了解到，电脑软件的更新速度十分迅速。配置过久不运用自然会被新的软件所取代，时间长久了会被看成是“古董”或“垃圾”之流。